Югио! Тёмная сторона измерений

Прошло полгода с решающей битвы против Фараона, и Юги Муто с друзьями вступили в третий класс старшей школы. Время перемен, и они начинают задумываться о будущем, о своих целях и желаниях. Тем временем Сэто Кайба, не забывая о своей невыполненной миссии, продолжает стремиться вернуть душу Фараона. В поисках способа он вновь собирает «Головоломку тысячелетия», несмотря на вмешательство таинственного человека по имени Аигами, который стремится помешать его планам. Вдобавок ко всему, Сэто разрабатывает новую систему виртуальных дуэлей, которая обещает революционизировать индустрию «Дуэльных монстров» и изменить ее навсегда. Но чем опаснее его открытия, тем больше угрозы они могут принести в мир дуэлей, и для Кайбы, и для всех его друзей.